El área de reserva patrimonial del IAM consta de dos amplios sectores diferenciados. El primero de ellos es el sector de Museología y Conservación que consta de dos espacios, uno exclusivo para el trabajo con las piezas (equipado con mesones y armarios), y otro disponible para la digitalización y fotografía de los artefactos .

El segundo sector del edificio destinado a la salvaguarda de colecciones consiste en tres depósitos que fueron acondicionados mediante los financiamientos ya referidos. El primero de ellos se encuentra ocupado por el material en tránsito, proveniente de excavaciones recientes, el segundo alberga las colecciones arqueológicas, mientras que el último está destinado a las colecciones etnográficas.