En el ámbito de la investigación, cuenta con diferentes grupos de trabajo que desarrollan proyectos a lo largo y ancho del país con especial énfasis en el Noroeste Argentino, abordando entre las principales áreas disciplinares la Arqueología Prehispánica e Histórica, Antropología Biológica, Antropología Social, Etnohistoria, Tecnologías originarias: Lítico, Cerámica, Textil, Metalurgia, Arquitectura, Arte Rupestre, Paleoetnobotánica, Zooarqueología, Geoarqueología y Arqueometría.
Desde estos equipos se han promovido diferentes estrategias para la vinculación con las comunidades locales en los lugares donde se llevan a cabo las investigaciones, generando nuevos espacios para el diálogo entre saberes, la puesta en valor y la conservación del patrimonio cultural.
El Instituto alberga y es el encargado del registro, conservación y custodia de tres importantes colecciones: una arqueológica, una etnográfica y una fotográfica. Como parte de su labor educativa, exhibe dos muestras permanentes: “América Indígena: diversidad cultural y tecnología antigua” (calle 25 de mayo 265) y “Entre Manos, Garras y Pezuñas: la gente y sus animales en el Norte Indígena” (calle San Martín 1545). Las mismas cuentan con visitas guiadas y están abiertas a todo público.
El área de vinculación con la comunidad del Instituto ofrece diferentes actividades didácticas destinadas a docentes y grupos escolares de distintos niveles. Las mismas están orientadas a compartir conocimientos sobre el quehacer de la arqueología y diversos aspectos del pasado prehispánico y colonial de nuestra región.
El Instituto coopera con el Ente de Cultura para realizar trabajos de arqueología de rescate en la Provincia de Tucumán.
En la sede del Instituto, ubicada en San Martín 1545, funciona asimismo la Secretaría, la biblioteca especializada Reyes Gajardo (con una extensión en calle 25 de mayo 265 2° piso), el laboratorio de arqueobotánica y diversos gabinetes de los equipos de investigación.
El IAM trabaja en estrecha relación con el Instituto Superior de Estudios Sociales (ISES CONICET – UNT). Realiza asesoramientos técnicos y colaboraciones vinculándose a través de convenios institucionales con diferentes organismos nacionales, fundaciones, comunidades indígenas (ej. Convenio de Cooperación con la Comunidad India Quilmes desde el año 2003) y organizaciones de la sociedad civil.