El IAM cuenta con laboratorios y espacios destinados al estudio de materiales arqueológicos de diferentes tipos y procedencias:

1. Laboratorio físico-químico para la preparación de muestras y otros preparados
2. Laboratorio de arqueobotánica para extracción, tratamiento y análisis de polen y microfósiles (fitolitos, almidones y oxalatos de calcio, entre otros)
3. Sala de microscopía (microscopio óptico de luz transmitida y lupas binoculares)
4. Área de colecciones de referencia botánicas y zoológicas

Los laboratorios cuentan asimismo con un área de acondicionamiento, rescate y cuarentena donde ingresan los materiales que se irán analizando.

Estos espacios dedicados a la investigación científica son producto del esfuerzo conjunto y el trabajo colaborativo entre instituciones como el IAM, la Agencia Nacional de Promoción Científica y el ISES CONICET.

Actualmente  son utilizados por investigadores, becarios y estudiantes de la carrera de arqueología así como colegas de otras provincias y países vecinos (Chile, Brasil, Perú, Uruguay) para analizar en detalle muestras de suelo, artefactos líticos, cerámica y restos de origen vegetal provenientes de sitios arqueológicos o históricos relacionados a los proyectos de investigación que se llevan adelante en la región.

• Extracción múltiple de microfósiles en sedimentos arqueológicos.

• Raspado de sustancias adheridas a la superficie de artefactos arqueológicos.

• Colección de referencia de silicofitolitos.

• Análisis bajo microscopio petrográfico, registro e identificación del conjunto de microfósiles en muestras arqueológicas.